Plateforme bas-normande de séquençage de nouvelle génération « SéSAME » (Séquençage pour la Santé, l’Agronomie, la Mer et l’Environnement) développée avec l’Université de Caen Normandie et localisée au Centre François Baclesse, dans le Laboratoire de Biologie et de Génétique du Cancer.
Contacts
Activités
La plateforme SéSAME a pour objectif de mettre à disposition des équipes de la région des locaux, des équipements et un support technique et bioinformatique aux projets de séquençage à haut débit dans les domaines de la santé, l’agronomie, la mer et l’environnement.
En cancérologie, dans les domaines du diagnostic et de la recherche, la plateforme est utilisée pour l’étude des formes héréditaires de cancer du sein ou des ovaires d’une part et pour l’identification de cibles moléculaires à visée thérapeutique dans les tumeurs d’autre part.
Les méthodes développées au sein de la plateforme incluent :
- Target-seq (reseq dont exome),
- DNA-seq (whole genome),
- RNA-seq (transcriptome),
- sRNA-seq (miRNA-seq),
- Capture-C.
Les prestations bioinformatiques de la platefome incluent :
- Génotypage (recherche de mutation, insertion/délétion),
- Recherche de variations du nombre de copies,
- Expression différentielle,
- Epissage différentiel,
- Assemblage de petits génomes.
Moyens techniques
La plateforme est équipée de :
- 2 séquenceurs Illumina, un Nextseq500 et un NextSeq2000
- 2 robots « High-Throughput» STAR (Hamilton)
- 1 sonicateur covaris E220
- 1 tapestation 2200 (Agilent)
- 1 automate d’extraction des acides nucléiques QIASymphony (Qiagen)
- 1 séquenceur capillaire 3500 (thermofisher)
- 1 ferme de calcul dédiée et des serveurs de stockage pour la bioinformatique (576 cœurs, 3000 Go de mémoire et 200 To de stockage)
Partenariats
- Au niveau régional : Université de Caen Normandie, Laboratoire LABEO, CHU de Rouen, Inserm U1245