Laboratoire de biologie et de génétique du cancer

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Dr Dominique VAUR

Chef de service du Laboratoire de Biologie et de Génétique du Cancer

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Dr Dominique VAUR

02 31 45 50 54

Fabrice GUICHARD

Cadre du Laboratoire de Biologie et de Génétique du Cancer

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Fabrice GUICHARD

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Secrétariat

Horaires : du lundi au vendredi de 8h à 17h
Téléphone : 02 31 45 50 54
Lieu : 3e étage

Missions du service

Mission de soin

Les activités du laboratoire couvrent le domaine de la biologie clinique, de la génétique des cancers héréditaires et de la génétique des tumeurs

L’équipe du laboratoire assure la réalisation des principales analyses de biochimie et d’hématologie indispensables pour la prise en charge des patients atteints de cancer et met à disposition des prescripteurs, les moyens nécessaires à la réalisation de leurs demandes.

Le service assure une activité de génétique constitutionnelle dans le cadre de la prise en charge des prédispositions héréditaires au cancer notamment du sein et de l’ovaire par recherche de mutations dans les gènes de prédisposition au cancer du sein et/ou de l’ovaire. Il réalise l’analyse des cas index par séquençage à haut débit et propose le diagnostic prédictif moléculaire d’une mutation connue pour les apparentés. Le service met en œuvre des examens complémentaires dans le but soit de démonter l’implication d’une mutation dans un contexte de prédisposition au cancer (ex : étude de l’ARN) soit dans le but d’approfondir l’analyse moléculaire en cas d’absence de mutation identifiée (ex : extension du génotype).

Enfin, son activité de génétique des tumeurs (génotypage de la tumeur et de l’ADN tumoral libre circulant) appliquée aux cancers du côlon, de l’ovaire, du sein et de la prostate, principalement, a pour but d’adapter la prise en charge thérapeutique des patients atteints de cancer (thérapies ciblées) en lien avec une réunion de concertation pluridisciplinaire « moléculaire ».

Mission de recherche

L’équipe du laboratoire mène des projets de recherche dans le domaine de la génétique du Cancer dans le cadre de l’unité INSERM U1245 (oncogénétique). Il abrite dans ses locaux la plateforme de séquençage à haut-débit SéSAME et s’appuie sur une équipe de bioinformaticiens permettant des développements dédiés dans le domaine.

Les projets développés se concentrent principalement sur la recherche de « l’hérédité manquante » dans le cadre du syndrome de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire :

L’étude de l’hétérogénéité génétique ;
L’étude de la contribution des mutations altérant l’épissage au niveau des gènes impliqués dans cette prédisposition par une approche à haut débit (RNASeq).

Mission d’enseignement

Cours à l’UFR des sciences pharmaceutiques et dans le cadre du M2R « Approches Omiques »
Accueil et encadrement des étudiants en Master 1/2, BTS, IUT, internes, externes et encadrement de thèses de sciences et de thèses d’exercice

L’équipe

Responsable : Dr Dominique VAUR
Cadre du laboratoire : Fabrice GUICHARD
Cadre expert en génétique : Dr Nicolas GOARDON
Biologistes : Dr Flavie BOULOUARD, Dr Laurent CASTERA, Dr Sophie KRIEGER, Dr Raphaël LEMAN, Dr Agathe RICOU
Responsable qualité du département de BioPathologie : Hafsa CHEVAUCHER

Offre de soins et Expertise

Biologie médicale

Dans le but de répondre aux besoins des services du centre, le laboratoire effectue des analyses de biologie générale pour les patients hospitalisés et les consultations externes (numérations et formules sanguines, bilans d’hémostase, ionogrammes et dosages des marqueurs tumoraux principalement). Le service assure aussi l’analyse des myélogrammes et des liquides (pleuraux, péritonéaux…). Il peut être amené à recevoir des prélèvements de services extérieurs pour certains dosages spécifiques tels que certains marqueurs tumoraux. Les modalités de réalisation des prélèvements sont décrites dans ce document :

Manuel des prélèvements du département de Biopathologie (MO-0313.12 / Septembre 2022)

Génétique

Dans le cadre des prédispositions héréditaires aux cancers du sein et de l’ovaire, le laboratoire réalise l’analyse des 13 gènes diagnostiques (BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C, RAD51D, TP53, CDH1, PTEN, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM) recommandés par le groupe Génétique et Cancer (au sein d’un panel de 61 gènes) par séquençage à haut-débit (NGS) chez les patients (cas index) qui ont bénéficié en amont d’une consultation d’oncogénétique). Le délai moyen de rendu de ces analyses est inférieur à un mois. La fiche de prescription ainsi que les modalités de réalisation des prélèvements sont consultables ici :

Organisation et gestion des prescripteurs en oncogénétique (PR-0408.06 / Novembre 2022)
Fiche de prescription (génétique constitutionnelle) des établissements extérieurs (EN-0454.11 / Janvier 2023)

Par ailleurs, dans le but d’adapter la prise en charge des patients atteints de cancer et de les faire bénéficier de certaines thérapies ciblées, le laboratoire a mis au point le séquençage d’un panel de gènes d’intérêt thérapeutique dans les tumeurs incluses en paraffine par séquençage à haut-débit (NGS) dans un délai compatible avec la prise en charge thérapeutique (Délai moyen inférieur à 3 semaines). Le laboratoire réalise aussi la recherche d’instabilités micro satellitaires dans les tumeurs. La fiche de prescription des analyses de génétique somatique est consultable ici :

GENECAN : Formulaire de demande d’examen (BIOPATH / Janvier 2023)

Dans le cadre de la RCP moléculaire, une analyse destinée à la prise en charge thérapeutique des patients en impasse thérapeutique est basée sur le séquençage d’un large panel de près de 500 gènes associé à l’identification des transcrits de fusions d’une centaine de gènes par séquençage simultané de l’ADN et de l’ARN extraits des tumeurs.

La liste des analyses disponibles est consultable dans le Catalogue des analyses du laboratoire de biologie et de génétique du cancer (EN-0452.29/ Janvier 2023).

Equipements du service

Génétique

Robot d’extraction des acides nucléiques : QIAsymphony (QIAGEN)
Thermocycleurs
Séquenceur capillaire ABI3500
2 séquenceurs haut débit Illumina
2 robots de distribution
Ferme de calculs et serveurs de stockage

Biologie générale

Hématologie : XN-1000 (Sysmex)
Hémostase : STA Compact Max 3 (Stago)
Biochimie : Cobas 6000 (Roche)
Automate à gaz du sang : ABL90 Flex PLUS (RadioMeter)

Résultats

Accréditation

Le Laboratoire de Biologie et de Génétique du Cancer est accrédité depuis le 1er juillet 2014. Le déploiement de la démarche qualité au sein du laboratoire d’anatomo-cyto-pathologie a permis d’accréditer le département de BioPathologie sous le n° 8-3264. En mars 2018, s’est déroulée l’évaluation de renouvellement de l’accréditation selon la norme NF EN ISO 15189 du Département de BioPatholoige à l’issue de laquelle l’accréditation va être reconduite pour une durée de 5 ans. Les lignes de portées sont disponibles sur le site du Cofrac : https://www.cofrac.fr/

Attestation d’accréditation du COFRAC (novembre 2019)

Données d’activité 2021

L’activité du Laboratoire de Biologie et de Génétique du Cancer a progressé de 2,4 % en 2021. Plus de 99 % des analyses sont réalisées sous accréditation COFRAC.

Dans le cadre des prédispositions héréditaires aux cancers du sein, de l’ovaire, du colon et aux polyposes, le laboratoire a pris en charge 3 010 familles en séquençant un panel de 61 gènes par séquençage à haut-débit (NGS) dans un délai médian de 15 jours.
Le laboratoire a réalisé :

1 386 tests pré symptomatiques chez des apparentés (+ 26 % par rapport à 2020).
1 242 analyses de génétique somatique sur les tumeurs (+ 9,4 % par rapport à 2020)

Axes de recherche / Projets

COVAR : étude biomédicale de ségrégation familiale des variants génétiques avec la maladie (Groupe Génétique et Cancer UNICANCER)
Déterminisme génétique des cancers à phénotype précoce (INSERM U1245)
Etude des altérations de l’épissage par RNASeq (INSERM U1245)
Biostatistiques appliquées à l’étude des variants rares (AAP projet émergent CNO 2015)
Définition de nouveaux algorithmes de prédiction d’épissage (collaboration LBGC-U1245 avec le GGC Epissage et ENIGMA).
Identification et implication des séquences régulatrices des gènes majeurs dans la prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire (AAP projets émergents CNO 2016)
Détection des CNV somatiques
Etude des outils bioinformatiques pour la détection de CNV par NGS (Projet cancéropôle Nord-Ouest)
Détection des instabilités microsatellitaires par NGS dans les tumeurs
Développement d’un système de base de données locale destinée à l’exploitation et la validation des données de génétique tumorale
UTOLA : Etude de phase II évaluant l’Olaparib comme traitement de maintenance dans les cancers de l’endomètre.
Projet PROCARBO : Recherche de variants conférant une sensibilité aux inhibiteurs de PARP sur ADN tumoral circulant, dans les cancers de la prostate métastatiques
Mosaïque constitutionnelle, ADN tumoral circulant ou hématopoïèse clonale : piège et enjeu des variants de faible fraction allélique détectés par NGS en génétique constitutionnelle
Développement d’un système de base de données nationale en oncogénétique constitutionnelle (groupe Génétique et Cancer ; consortium UNICANCER)

Publications

Leman, R ; Harter, V ; Atkinson, A ; Davy, G ; Rousselin, A ; Muller, E & al , SpliceLauncher: a tool for detection, annotation and relative quantification of alternative junctions from RNAseq data., Bioinformatics, 2020, 36, 1634-1636
Lopez-Perolio, I ; Leman, R ; Behar, R ; Lattimore, V ; Pearson, JF ; Castéra, L & al , Alternative splicing and ACMG-AMP-2015-based classification of PALB2 genetic variants: an ENIGMA report., J Med Genet, 2019, 56, 453-460
Castéra, L ; Harter, V ; Muller, E ; Krieger, S ; Goardon, N ; Ricou, A & al , Landscape of pathogenic variations in a panel of 34 genes and cancer risk estimation from 5131 HBOC families., Genet Med, 2018, 20, 1677-1686
Leman, R ; Gaildrat, P ; Le Gac, G ; Ka, C ; Fichou, Y ; Audrezet, MP & al , Novel diagnostic tool for prediction of variant spliceogenicity derived from a set of 395 combined in silico/in vitro studies: an international collaborative effort., Nucleic Acids Res, 2018, 46, 7913-7923
Caputo, SM ; Léone, M ; Damiola, F ; Ehlen, A ; Carreira, A ; Gaidrat, P & al , Full in-frame exon 3 skipping of BRCA2 confers high risk of breast and/or ovarian cancer., Oncotarget, 2018, 9, 17334-17348
Davy, G ; Rousselin, A ; Goardon, N ; Castéra, L ; Harter, V ; Legros, A & al , Detecting splicing patterns in genes involved in hereditary breast and ovarian cancer., Eur J Hum Genet, 2017, 25, 1147-1154
Muller, E ; Goardon, N ; Brault, B ; Rousselin, A ; Paimparay, G ; Legros, A & al , OutLyzer: software for extracting low-allele-frequency tumor mutations from sequencing background noise in clinical practice., Oncotarget, 2016, 7, 79485-79493
Castéra, L ; Krieger, S ; Rousselin, A ; Legros, A ; Baumann, JJ ; Bruet, O & al , Next-generation sequencing for the diagnosis of hereditary breast and ovarian cancer using genomic capture targeting multiple candidate genes., Eur J Hum Genet, 2014, 22, 1305-13
Houdayer, C ; Caux-Moncoutier, V ; Krieger, S ; Barrois, M ; Bonnet, F ; Bourdon, V & al , Guidelines for splicing analysis in molecular diagnosis derived from a set of 327 combined in silico/in vitro studies on BRCA1 and BRCA2 variants., Hum Mutat, 2012, 33, 1228-38
Théry, JC ; Krieger, S ; Gaildrat, P ; Révillion, F ; Buisine, MP ; Killian, A & al , Contribution of bioinformatics predictions and functional splicing assays to the interpretation of unclassified variants of the BRCA genes., Eur J Hum Genet, 2011, 19, 1052-8

Partenariats

Au niveau régional

Au niveau national

INCa
- Projet « Réseau français de bio-informatique pour le diagnostic par NGS en cancérologie »
- Participation au projet création d’une base de données nationales en génétique somatique
- Oncogénétique et inhibiteurs de PARP
- Comité d’experts de l’ITMO Cancer pour la médecine de précision en oncologie
- Validation de méthode en génétique somatique (NGS)
ANPGM
- Validation de méthode NGS
- Groupe Qualité NGS
- Groupe Compte rendu NGS
- Groupe de travail deuxième prélèvement
- Groupe de travail bioinformatique
Groupe Génétique et Cancer
- Membre du bureau du Groupe Génétique et Cancer
- Groupe praticiens
- Groupe labos sein/ovaire
- Groupe ARN
- Groupe COVAR
- Groupe CANSOP (base clinico biologique)
- Projet Tumospec
- French Oncogénétics Database : Projet de base de données de gènes de prédisposition aux cancers
UNICANCER
- Groupe de travail BioPathologie
Participation au groupe de travail COFRAC Section Santé Humaine – NGS et Accréditation ; Génétique : adaptation de l’accréditation aux plateformes de bioinformatique
Création en 2018 de l’association BIOINFODIAG (Réseau Français de Bioinformatique pour le Diagnostic)

Au niveau international

ENIGMA : Evidence-based Network for the Interpretation of Germline Mutant Alleles
- Projet validation de méthode RNAseq
- Projet profil d’épissage tissulaire
GA4GH : BRCA challenge