Laboratoire de biologie et de génétique du cancer

Contact

Secrétariat

• Horaires : du lundi au vendredi de 8h à 17h
• Téléphone : 02 31 45 50 54
• Lieu : 3e étage

Missions du service

Mission de soin

Les activités du laboratoire couvrent le domaine de la biologie clinique, de la génétique des cancers héréditaires et de la génétique des tumeurs

L’équipe du laboratoire assure la réalisation des principales analyses de biochimie et d’hématologie indispensables pour la prise en charge des patients atteints de cancer et met à disposition des prescripteurs, les moyens nécessaires à la réalisation de leurs demandes.

Le service assure une activité de génétique constitutionnelle dans le cadre de la prise en charge des prédispositions héréditaires au cancer notamment du sein et de l’ovaire par recherche de mutations dans les gènes de prédisposition aux cancers du sein, de l’ovaire et digestifs par recherche de mutations dans les gènes impliqués dans ces pathologies. Il réalise l’analyse des cas index par séquençage à haut débit et propose le diagnostic prédictif moléculaire d’une mutation connue pour les apparentés. Le service met en œuvre des examens complémentaires dans le but soit de démonter l’implication d’une mutation dans un contexte de prédisposition aux cancers (ex : étude de l’ARN par RNASeq et Mini-gènes) soit dans le but d’approfondir l’analyse moléculaire en cas d’absence de mutation identifiée (ex : extension du génotype).

Enfin, son activité de génétique des tumeurs (génotypage de la tumeur et de l’ADN tumoral libre circulant) appliquée aux cancers du côlon, de l’ovaire, du sein et de la prostate, principalement, a pour but d’adapter la prise en charge thérapeutique des patients atteints de cancer (thérapies ciblées) en lien avec une réunion de concertation pluridisciplinaire « moléculaire ».

Mission de recherche

L’équipe du laboratoire mène des projets de recherche dans le domaine de la génétique du Cancer dans le cadre de l’unité INSERM U1245 (prédispositions héréditaires aux cancers). Il abrite dans ses locaux la plateforme de séquençage à haut-débit SéSAME et s’appuie sur une équipe de bioinformaticiens permettant des développements dédiés dans le domaine.

Les projets développés se concentrent principalement sur la recherche de « l’hérédité manquante » dans le cadre du syndrome de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire :

• L’étude de l’hétérogénéité génétique ;
• L’étude de la contribution des mutations altérant l’épissage au niveau des gènes impliqués dans cette prédisposition par une approche à haut débit (RNASeq Long-read, Midi-gènes) et recherche de variants structuraux (DNASeq Long-read).

Mission d’enseignement

• Cours à l’UFR Santé et dans le cadre du M2R « Approches Omiques »
• Accueil et encadrement des étudiants en Master 1/2, BTS, IUT, internes, externes et encadrement de thèses de sciences et de thèses d’exercice
• FST Bioinformatique (niveau 2)
• FST Innovation et Recherche

L’équipe

• Responsable : Dr Dominique VAUR
• Cadre du laboratoire : Fabrice GUICHARD
• Cadre expert en génétique : Dr Nicolas GOARDON
• Biologistes : Dr Flavie BOULOUARD, Dr Laurent CASTERA, Dr Sophie KRIEGER, Dr Raphaël LEMAN, Dr Agathe RICOU
• Qualiticien du département de BioPathologie : Florian DOMIN

Offre de soins et Expertise

Biologie médicale

Dans le but de répondre aux besoins des services du centre, le laboratoire effectue des analyses de biologie générale pour les patients hospitalisés et les consultations externes (numérations et formules sanguines, bilans d’hémostase, ionogrammes et dosages des marqueurs tumoraux principalement). Le service assure aussi l’analyse des liquides (pleuraux, péritonéaux…). Il peut être amené à recevoir des prélèvements de services extérieurs pour certains dosages spécifiques tels que certains marqueurs tumoraux. Les modalités de réalisation des prélèvements sont décrites dans le manuel de prélèvements du département de Biopathologie disponible sur Thesi (rubrique Documents).

Génétique

Dans le cadre des prédispositions héréditaires aux cancers du sein et de l’ovaire, le laboratoire réalise l’analyse des 13 gènes diagnostiques (BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C, RAD51D, TP53, CDH1, PTEN, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM) recommandés par le groupe Génétique et Cancer (au sein d’un panel de 61 gènes) par séquençage à haut-débit (NGS) chez les patients (cas index) qui ont bénéficié en amont d’une consultation d’oncogénétique). Le délai moyen de rendu de ces analyses est inférieur à un mois. La fiche de prescription ainsi que les modalités de réalisation des prélèvements sont disponibles sur Thesi (rubrique Documents).

Prix Unicancer de l’innovation 2023 – Catégorie Digital/data au service du patient :
Développement d’un système de base de données nationale en oncogénétique constitutionnelle (groupe Génétique et Cancer ; consortum UNICANCER) FrOG-database
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Par ailleurs, dans le but d’adapter la prise en charge des patients atteints de cancer et de les faire bénéficier de certaines thérapies ciblées, le laboratoire a mis au point le séquençage de panels de gènes d’intérêt thérapeutique dans les tumeurs incluses en paraffine par séquençage à haut-débit (NGS) dans un délai compatible avec la prise en charge thérapeutique (Délai moyen inférieur à 3 semaines). Le laboratoire réalise aussi la recherche d’instabilités micro satellitaires dans les tumeurs. La fiche de prescription des analyses de génétique somatique est disponible sur Thesi (rubrique Documents).

Prix Unicancer de l’innovation 2022 – Catégorie Accès à l’innovation :
GIScar : un score d’instabilité génomique pour les cancers ovariens développé par un CLCC
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Dans le cadre de la RCP moléculaire, une analyse destinée à la prise en charge thérapeutique des patients en impasse thérapeutique est basée sur le séquençage d’un large panel plus de 600 gènes associé à l’identification des transcrits de fusions d’une cinquantaine de gènes par séquençage simultané de l’ADN et de l’ARN extraits des tumeurs.

La liste des analyses disponibles est disponible sur Thesi (rubrique Documents).

Equipements du service

Génétique

• Robot d’extraction des acides nucléiques : QIAsymphony (QIAGEN)
• Thermocycleurs
• Séquenceur capillaire ABI3500
• 3 séquenceurs haut débit Illumina
• Séquenceur Long-read Nanopore
• 2 robots de distribution
• Sonicateur covaris E220
• Ferme de calculs et serveurs de stockage

Biologie générale

• Hématologie : XN-1000 (Sysmex)
• Hémostase : STA Compact Max 3 (Stago)
• Biochimie : Cobas pure(Roche)
• Automate à gaz du sang : ABL90 Flex PLUS (Radiometer)

Résultats

Accréditation

Le Laboratoire de Biologie et de Génétique du Cancer est accrédité depuis le 1er juillet 2014. Le déploiement de la démarche qualité au sein du laboratoire d’anatomo-cyto-pathologie a permis d’accréditer le département de BioPathologie sous le n° 8-3264. Les lignes de portées sont disponibles sur le site du Cofrac : https://www.cofrac.fr/

Données d’activité 2023

L’activité du Laboratoire de Biologie et de Génétique du Cancer a progressé de 13,8 % en 2023. Plus de 99 % des analyses sont réalisées sous accréditation COFRAC.

Dans le cadre des prédispositions héréditaires aux cancers du sein, de l’ovaire, du colon et aux polyposes, le laboratoire a pris en charge 3 455 familles en séquençant un panel de 61 gènes par séquençage à haut-débit (NGS) dans un délai médian de 15 jours.
Le laboratoire a réalisé :

• 1 763 tests pré symptomatiques chez des apparentés (+ 27 % par rapport à 2022).
• 1 273 analyses de génétique somatique sur les tumeurs (+ 8 % par rapport à 2022)

Axes de recherche / Projets

• COVAR : étude biomédicale de ségrégation familiale des variants génétiques avec la maladie (Groupe Génétique et Cancer UNICANCER)
• Etude des altérations de l’épissage par RNASeq (INSERM U1245)
• Biostatistiques appliquées à l’étude des variants rares (AAP projet émergent CNO 2015)
• Définition de nouveaux algorithmes de prédiction d’épissage (collaboration LBGC-U1245 avec le GGC Epissage et ENIGMA).
• Détection des CNV somatiques
• Mosaïque constitutionnelle, ADN tumoral circulant ou hématopoïèse clonale : piège et enjeu des variants de faible fraction allélique détectés par NGS en génétique constitutionnelle
• Développement d’un système de base de données nationale en oncogénétique constitutionnelle (groupe Génétique et Cancer ; consortium UNICANCER)
• Exploration du génome non codant
• Etude DOMENICA sur les cancers de l’endomètre
• HERO : Evaluation test HRD dans le cancer de l’ovaire

Publications

1. Leman, R ; Muller, E ; Legros, A ; Goardon, N ; Chentli, I ; Atkinson, A & al, Validation of the Clinical Use of GIScar, an Academic-developed Genomic Instability Score Predicting Sensitivity to Maintenance Olaparib for Ovarian Cancer., Clin Cancer Res, 2023, 29, 4419-4429
2. Leman, R ; Parfait, B ; Vidaud, D ; Girodon, E ; Pacot, L ; Le Gac, G & al, SPiP: Splicing Prediction Pipeline, a machine learning tool for massive detection of exonic and intronic variant effects on mRNA splicing., Hum Mutat, 2022, 43, 2308-2323
3. Neviere, Z ; Coquan, E ; Brachet, PE ; Meriaux, E ; Bonnet, I ; Krieger, S & al, Outcomes of Patients with Metastatic Castration-Resistant Prostate Cancer According to Somatic Damage DNA Repair Gene Alterations., Curr Oncol, 2022, 29, 2776-2791
4. Caputo, SM ; Golmard, L ; Léone, M ; Damiola, F ; Guillaud-Bataille, M ; Revillion, F & al, Classification of 101 BRCA1 and BRCA2 variants of uncertain significance by cosegregation study: A powerful approach., Am J Hum Genet, 2022, 108, 1907-1923
5. Morice, PM ; Coquan, E ; Weiswald, LB ; Lambert, B ; Vaur, D ; Poulain, L, Identifying patients eligible for PARP inhibitor treatment: from NGS-based tests to 3D functional assays., Br J Cancer, 2021, 125, 7-14
6. Boulouard, F ; Kasper, E ; Buisine, MP ; Lienard, G ; Vasseur, S ; Manase, S & al, Further delineation of the NTHL1 associated syndrome: A report from the French Oncogenetic Consortium., Clin Genet, 2021, 99, 662-672
7. Callens, C ; Vaur, D ; Soubeyran, I ; Rouleau, E ; Just, PA ; Guillerm, E & al, Concordance Between Tumor and Germline BRCA Status in High-Grade Ovarian Carcinoma Patients in the Phase III PAOLA-1/ENGOT-ov25 Trial., J Natl Cancer Inst, 2021, 113, 917-923
8. Bardet, S ; Goardon, N ; Lequesne, J ; Vaur, D ; Ciappuccini, R ; Leconte, A & al, Diagnostic and prognostic value of a 7-panel mutation testing in thyroid nodules with indeterminate cytology: the SWEETMAC study., Endocrine, 2021, 71, 407-417
9. Beddok, A ; Krieger, S ; Castera, L ; Stoppa-Lyonnet, D ; Thariat, J, Management of Fanconi Anemia patients with head and neck carcinoma: Diagnosis and treatment adaptation., Oral Oncol, 108
10. Leman, R ; Tubeuf, H ; Raad, S ; Tournier, I ; Derambure, C ; Lanos, R & al, Assessment of branch point prediction tools to predict physiological branch points and their alteration by variants., BMC Genomics, 2020, 21, 86
11. Leman, R ; Harter, V ; Atkinson, A ; Davy, G ; Rousselin, A ; Muller, E & al , SpliceLauncher: a tool for detection, annotation and relative quantification of alternative junctions from RNAseq data., Bioinformatics, 2020, 36, 1634-1636
12. Lopez-Perolio, I ; Leman, R ; Behar, R ; Lattimore, V ; Pearson, JF ; Castéra, L & al , Alternative splicing and ACMG-AMP-2015-based classification of PALB2 genetic variants: an ENIGMA report., J Med Genet, 2019, 56, 453-460
13. Castéra, L ; Harter, V ; Muller, E ; Krieger, S ; Goardon, N ; Ricou, A & al , Landscape of pathogenic variations in a panel of 34 genes and cancer risk estimation from 5131 HBOC families., Genet Med, 2018, 20, 1677-1686
14. Leman, R ; Gaildrat, P ; Le Gac, G ; Ka, C ; Fichou, Y ; Audrezet, MP & al , Novel diagnostic tool for prediction of variant spliceogenicity derived from a set of 395 combined in silico/in vitro studies: an international collaborative effort., Nucleic Acids Res, 2018, 46, 7913-7923
15. Caputo, SM ; Léone, M ; Damiola, F ; Ehlen, A ; Carreira, A ; Gaidrat, P & al , Full in-frame exon 3 skipping of BRCA2 confers high risk of breast and/or ovarian cancer., Oncotarget, 2018, 9, 17334-17348

Partenariats

Au niveau régional

• INSERM U1245 : Genomic and Personalized Medicine in Cancer and Neurological disorders
• CHU de Caen : plateforme Genecan
• INSERM U1086 : ANTICIPE Unité de recherche interdisciplinaire pour la prévention et le traitement des cancers

Au niveau national

• INCa
  • Projet « Réseau français de bio-informatique pour le diagnostic par NGS en cancérologie »
  • Participation au projet création d’une base de données nationales en génétique somatique
  • Oncogénétique et inhibiteurs de PARP
  • Comité d’experts de l’ITMO Cancer pour la médecine de précision en oncologie
  • Validation de méthode en génétique somatique (NGS)
• ANPGM
  • Validation de méthode NGS
  • Groupe Qualité NGS
  • Groupe Compte rendu NGS
  • Groupe de travail deuxième prélèvement
  • Groupe de travail bioinformatique
• Groupe Génétique et Cancer
  • Membre du bureau du Groupe Génétique et Cancer
  • Groupe praticiens
  • Groupe labos sein/ovaire
  • Groupe ARN
  • Groupe COVAR
  • Groupe CANSOP (base clinico biologique)
  • Projet Tumospec
  • French Oncogénétics Database : Projet de base de données de gènes de prédisposition aux cancers
• UNICANCER
  • Groupe de travail BioPathologie
• Participation au groupe de travail COFRAC Section Santé Humaine – NGS et Accréditation ; Génétique : adaptation de l’accréditation aux plateformes de bioinformatique
• Création en 2018 de l’association BIOINFODIAG (Réseau Français de Bioinformatique pour le Diagnostic)

Au niveau international

• ENIGMA : Evidence-based Network for the Interpretation of Germline Mutant Alleles
  • Projet validation de méthode RNAseq
  • Projet profil d’épissage tissulaire
• GA4GH : BRCA challenge

Documents utiles pour les professionnels de santé

Le catalogue des analyses, ainsi que les modalités de réalisation des examens sont disponibles sur Thesi.

Réclamation / Suggestion

En cas de réclamation ou de suggestion à destination du laboratoire, un formulaire dédié est disponible sur Thesi.
N’oubliez pas d’indiquer vos coordonnées afin que le laboratoire puisse vous apporter une réponse.